Par anaerobās organismi ir pilnīgi pretējs organismiem aerobā, viņi neizmanto divatomu skābekli izaugsmes, vielmaiņu un diferenciāciju, šīs darbs ar dažādu savienojumu, dodot vietu ar apakšklasifikāciju ja minētie mikroorganismiem strādā ar ķīmisko savienojumu sauc piruvāts saka viņa Metabolisms ir fermentatīvs (viņi izmanto fermentāciju), no otras puses, tā ir cita viela, izņemot piruvātu, ja tā saka, ka tas ir organisms, kas praktizē anaerobo elpošanu.
Fermentācijas sastāv no ķīmiskās enerģijas iegūšanai no katabolisma procesā un nepabeigtu vai nepilnīgu oksidēšanas organiska savienojuma, saskaņā ar tās gala produkta, kam tā var sadalīt, fermentējot spirtu, jo tas rada etanolu, pienskābās rūgšanas ražo pienskābi, sviesta fermentācija, cita starpā; Savukārt anaerobā elpošana sastāv no elektronu transporta ķēdes, kas parasti ir līdzīga aerobās elpošanas ķēdei, bet galīgā akceptora vietā ir skābeklis, šajā gadījumā tas būtu jebkurš neorganiska rakstura savienojums.
Tāpat kā ir aerobās baktērijas, pastāv arī anaerobās baktērijas, kas var dzīvot bez skābekļa, dažas no tām atrodas cilvēka ķermenī vietās, kur nav skābekļa, piemēram, resnajā zarnā, kur tās darbojas kā pūšanas faktori. Fekālijas pēc to izturības pret skābekli var klasificēt kā: obligātās anaerobās baktērijas, tās nevar augt vietās, kur ir skābeklis, jo tas ir kaitīgs un var izraisīt tā iznīcināšanu. Aerotolerantās baktērijas nekad neizmantos skābekli vielmaiņas procesos. bet var dzīvot skābekli saturošā vidē, fakultatīvos anaerobosviņi var izmantot skābekli kā galīgo elektronu akceptoru, bet, ja viņi atrodas vidēs, kur nav skābekļa, viņi izmanto fermentācijas ceļu.
