Zinātnes jomā metilēnzils ir pazīstams kā metiltionīna hlorīds, tas ir krāsviela, ko izmanto kā krāsu dažu cilvēka ķermeņa daļu pigmentēšanai pirms operācijas vai tās laikā. Ārsti to galvenokārt izmanto kā antiseptisku un iekšēju cauterizer.
To lieto arī kā krāsu traipos, lai novērotu, izmantojot mikroskopu, un lai krāsotu rezultātus laboratorijās, jo tā spēj krāsot urīnu un izkārnījumus. Visbeidzot, to lieto arī ārstēšanā, lai samazinātu methemoglobīna līmeni. Starp tā īpašībām ir tas, ka tas ir elements, kas sastāv no kristāliem, spilgti tumši zaļā krāsā, tam nav smakas un gaiss to nemaina.
To var viegli izšķīdināt ūdenī un apdomīgi spirtā, un, saskaroties ar tiem, tā krāsa pārvēršas dziļi tumši zilā krāsā, to izmanto arī nagu sēnīšu apkarošanai, to var izmantot arī baltu apģērbu krāsošanai, kad tas ir sāk kļūt dzeltenīgs.
Akvakultūrā to plaši izmanto tropisko zivju infekciju ārstēšanai, tas ir ļoti efektīvs cīņā pret vienšūņu parazītu, kas izraisa infekcijas zivīs. Būtībā to izmanto, lai rūpētos par zivīm nesen izdētajām olām, lai tās neinficētu ne baktērijas, ne sēnītes, tas ir ļoti noderīgi, ja vēlaties mākslīgi inkubēt olas. Cilvēki var iegādāties metilēnzilo bez receptes, to parasti lieto kā lokālu antiseptisku līdzekli.
